伴随着iOS 9 Beta 3系统的发布，苹果引入了全新改造的双因素认证系统。根据Beta版更新日志和细节FAQ，全新的双因素认证系统有别于目前所使用的两步验证系统，使用“不同多种方式”来信任设备和提供认证码。除系统安全级别大幅提升之外，苹果表示“用户体验变得流畅”。
基于支持文档，全新的双因素认证系统和目前所使用两步验证系统有所相似。任何使用iOS 9 或者EI Capitan系统签署认证的设备都将变成可信赖的设备，当登陆到其他设备或者使用Apple ID关联服务时候能够用于验证识别。
苹果推荐iOS 9和OS X EI Capitan beta版本的测试用户在所有设备中启用全新的双因素认证系统，在更新日志中，那些在老设备上启用双因素认证系统之后在输入传统密码之后可能需要使用6位的验证码。苹果在FAQ中写道：
在激活双因素认证之后，在Mac和Windows系统中的iTunes中每次购物在输入Apple ID密码之后还需要输入六位的验证码。这6位密码会自动发送到运行iOS 9或OS X EI Capitan的设备上。
