在《卧龙吟》副本中，我们最初征战的副本是黄巾势力－曲阳之战，随着名将招募，主公成长，征服副本后可以开启其他副本。除了普通副本，在通过天柱山之变我们遇到第一个困难副本，但是也阻挡不了主公前进的步伐，每通关一个副本之后，可以在成就中领取成就奖励。通关成绩越好达成的成就也就越高，所以在主公强大之后可重复征战来获得更好的奖励。
副本中，我们遇到的不止是一个队伍的敌军，在经过战争交锋后，士兵会受伤退役，所以我们需要及时补充兵力，通过募集义兵或是消耗粮草招募士兵。还未交锋时，敌军的旗帜是红色的，在每战胜一队敌军，敌军便会投降举起白色旗帜。敌军的颜色不同他们的实力也不相同，黑色是普通部队，黄色和红色是精英部队。根据敌军实力，主公可以做好安排面对战斗。
